1.录取新生后，大部分省份的学生自行携带档案交给班主任，部分省份学生档案由招生办公室接受后，通过学生工作处学籍办公室转交给新生班主任，班主任在原档案上加装中国科学技术大学学生档案袋。新生班主任须检查中学期间档案材料是否齐全，缺少的材料应向学生原中学索取。新生档案在班主任处保管一年后移交到学生工作处。
2.学生工作处对学生档案实行集中统一管理。学籍变动的学生档案由学生工作处统一调整，各年度的奖学金审批表和惩处决定在学生毕业前交班主任归档。
3.毕业当年的五月份，毕业班的班主任将学生档案取回，并将毕业生的有关材料（入学登记表、军训小结、奖学金审批表、优秀毕业生审批表、惩处材料、毕业生登记表、成绩单、体检表、派遣证通知书、学位证书复印件等）归档。
4.毕业生派遣完毕后，班主任将学生档案送回学生工作处，并在档案封面上注明档案转递地址，用学生工作处学籍办公室统一转递。